Op "Tarquin’s Seaweed Farm" en diens opvolger "The Nostalgia Factory" speelt en zingt Wilson alles zelf. Gitaren, diverse snaarinstrumenten, toetsen en drumcomputer, de Engelsman blijkt een alleskunner. Voor teksten put hij uit het werk van schrijver en labeleigenaar Alan Duffy, die hij nog uit zijn Karma tijd kent. De nummers hebben een sterk nostalgisch karakter met een grote muzikale variatie. Pink Floyd, Hawkwind, King Crimson, Nick Drake en Prince behoren tot de referenties, waarbij Wilson zonder moeite uit 25 jaar muziekgeschiedenis put. Het Engelse Delerium label, onder leiding van de latere PT-manager- Richard Allen, brengt eerst beide cassettes opnieuw uit, en wil deze aansluitend als twee afzonderlijke dubbelalbums persen. Wilson besluit anders en verzamelt het beste van beide tapes voor de 2lp/cd "On The Sunday Of Life…", die in 1992 verschijnt. De overgebleven tracks verschijnen in 1994 op de nu erg zeldzame cd "Yellow Hedgerow Dreamscape". Terwijl hij met no-man zich als groepslid sterk profileert als schrijver en uitvoerend artiest, blijft Porcupine Tree een hobbyproject. 

In 1993 schrijft hij "Voyage 34", een moderne muzikale trip, die fragmenten bevat van een Amerikaanse anti-lsd plaat uit 1965 en uitmondt in een ep van 30 minuten. De uitgave wordt een grote ‘underground’ hit in Engeland en is het voorproefje van album nummer twee, "Up The Downstair", dat in 1993 uitkomt. Muzikaal en tekstueel grijpt Wilson terug op zijn Karma-tijd met "Burning Sky" en "Small Fish", terwijl "Always Never" en "Fadeaway" de ruwe diamanten van de plaat zijn en sterk geluidsbepalend zijn voor het latere werk. Porcupine Tree is dan geen eenmansproject meer: Wilson krijgt hulp van Richard Barbieri (toetsen, ex-Japan) en Colin Edwin (bas), die korte tijd later vaste bandleden worden. De leftovers van "Up The Downstair", dat beter verkoopt dan zijn voorganger, komen terecht op de 10"/cd "Staircase Infinities".

Als Chris Maitland als drummer is aangesteld, speelt de groep eind 1993 haar eerste live-optredens. Een half jaar later verschijnt de ep "Moonloop", waarop Wilson het groepsgeluid meer verfijnt. De uitgave is het voorproefje van de "The Sky Moves Sideways", dat begin februari 1995 uitkomt en sterk leunt op de epische progressieve rock in de stijl van Pink Floyd, maar – als het moet - ook stevig rockt. Het album maakt diepe indruk op fijnproevers van het genre. Wilson blijft in de jaren na het uitkomen van de plaat, dat het geen favoriet van hem is. Porcupine Tree wil vooruit met haar muziek, die meer groepsgeoriënteerd gaat klinken en compactere songs aflevert. "Signify" (1996) is een gevarieerde en een deels onevenwichtige plaat, de laatste studioplaat op het Delerium label. Delen van de op de plaat terug te vinden jamsessies krijgen alle ruimte op het onderschatte "Metanoia" (1998). Met de liveplaat "Coma Divine" (1997) neemt de groep, voor een uitzinnige Frontiera in Rome, in stijl afscheid van haar eerste muzikale periode.

Ondertussen heeft Wilson al een nieuwe plaat klaarliggen, die, wegens lang zoeken naar een nieuwe platenmaatschappij, pas begin 1999 uitkomt op het kersverse Snapper label. Op "Stupid Dream" is het geluid van de band voor het eerst sinds 1992 echt drastisch veranderd. Invloeden van The Beach Boys, Crosby, Stills, Nash & Young, maar ook Talk Talk en zelfs stevige Led Zeppelin-achtige rock zijn te horen in de sferische popsongs, waarin ook zo nu en dan strijkers (gearrangeerd door XTC-lid Dave Gregory) een prominente plaats innemen. Nog steeds is de groep niet definitief doorgebroken, ondanks haar schare aanhang fans en tournees met Hawkwind, Marillion en Dream Theater. Opvolger "Lightbulb Sun" (2000) biedt meer van hetzelfde, maar de composities zijn wederom van zeer hoge kwaliteit en het album klinkt nog melancholischer dan haar voorganger. Na een album vol zeldzaamheden en een paar losse nieuwe nummers ("Recordings", 2001) gaat de groep opnieuw op zoek naar een nieuw label. Begin 2002 tekent Lava, onderdeel van Atlantic / Warner Brothers, de groep en kijkt Porcupine Tree wederom uit naar een doorbraak. Dat heeft tot gevolg dat drummer Chris Maitland de band verlaat: hij kan zijn andere activiteiten naast Porcupine Tree niet meer combineren met het groepswerk, dat steeds meer tijd gaat kosten voor alle bandleden. 

Hij wordt vervangen door Gavin Harisson, een oude bekende van Wilson en Barbieri. Voor Steven Wilson heeft de populariteit van ‘zijn hobbyband’ die van no-man inmiddels ver overtroffen. Op "In Absentia" klinkt de band steviger en grimmiger, maar net zo dromerig en meeslepend als op de twee voorgangers. De plaat verschijnt eind 2002 in Amerika en begin 2003 in Europa, waarna de groep haar meest uitgebreide wereldtournee tot dan toe maakt.

Toch vallen de verkoopaantallen tegen en zet de band vol in op "Deadwing", het volgende album dat in 2004 uitkomt. Een plaat die veel samenhangender is dan "In Absentia" en tijdloze, spannende progrock biedt. Vlak na het uitkomen wordt het Lava label opgeheven en houdt de groep de release van de dvd "Arriving Somewhere…" in eigen hand, waarop Porcupine Tree bij vlagen een routineuze en klinische indruk maakt. Dat de populariteit van de band met de dag stijgt, blijkt wanneer begin 2007 op het Roadrunner label "Fear Of A Blank Planet" verschijnt. Zowel door pers als publiek wordt het werkstuk zeer positief wordt ontvangen. Het is een in een korte tijd geschreven en opgenomen groepsplaat, met bijdragen van Alex Lifeson (Rush) en Robert Fripp (King Crimson), die bij herbeluistering steeds meer geheimen prijsgeeft.